O mestrado profissional é uma modalidade de Pós-Graduação Stricto sensu reconhecida pela CAPES e com mesmo valor que o mestrado acadêmico, voltado para a capacitação de profissionais, nas diversas áreas do conhecimento, mediante o estudo de técnicas, processos, ou temas que atendam à demanda do mercado de trabalho. A Bioengenharia é cada vez mais importante no dia a dia de todos os profissionais que trabalham com a área da Saúde. É uma área excitante e inovadora que combina o conhecimento das áreas Biológicas com a inovação das Exatas. As disciplinas do mestrado profissional em bioengenharia em São Paulo são oferecidas na última semana de cada mês. O aluno pode optar em cursar apenas uma disciplina diária por mês, ou mais, conforme sua disponibilidade de horário. Em Fernandópolis as disciplinas são oferecidas no último final de semana do mês. Público-alvo portador de diploma de nível superior nas áreas das Ciências Exatas, Médicas e Biológicas.